A múzeum belső terének kialakítása az ELTE Bolyai János Gyakorló Általános Iskola és Gimnázium (az alsóbodoki szakközépiskola testvériskolája) tanárai: Károly Frigyes, Kukor Ferenc és Kocsis Zsolt szakmai munkájának köszönhető. Feldolgozva a szükséges dokumentumokat a muzeális tárgyakat időrendi sorrendben állítottak ki. Esterházy János leánya, Esterházy Malfatti Alice, édesapja börtönben használt személyes tárgyaival (imakönyv, szemüveg, rózsafüzér) együtt a múzeumnak ajándékozta azokat a birtokában lévő eredeti miseruhákat és egyházi kellékeket is, melyeket a nyitraújlaki kastély kápolnájában használtak.
A múzeum végső összeállításához dr. Molnár Imre Esterházy-kutató, a Pozsonyi Magyar Intézet igazgatója nélkülözhetetlen forrásanyaggal, Hajtman Béla, az Alsóbodoki MTNY Magán-szakközépiskola igazgatója fordításszövegekkel és ifj. Csámpai Ottó, az Esterházy János Zarándokközpont igazgatója fotodokumentációval járult hozzá. A múzeum részét képezi a felette található előadó- és fogadóterem, ahol Esterházy János életével kapcsolatos emléktárgyakat és könyveket lehet vásárolni.
Wnętrze muzeum zawdzięcza swój wygląd profesjonalnej pracy dyrektora i nauczycieli przyuniwersyteckiej (ELTE) Szkoły Podstawowej i Gimnazjum im. Jánosa Bolyaiego w Szombathely, która jest partnerską szkołą Zawodowej Szkoły Średniej z Alsóbodok. Są nimi: Frigyes Károly, Ferenc Kukor oraz Zsolt Kocsis. To oni opracowali dokumenty i eksponaty, poukładali je w porządku chronologicznym. Córka Jánosa Esterházyego, Alice Esterházy Malfatti przekazała do muzeum rzeczy osobiste ojca z więzienia, modlitewnik, okulary i różaniec oraz przedmioty z ich rodzinnego majątku, ornaty i kościelne paramenty, które były używane w domowej kaplicy w Nyitraújlak (słow. Veľké Zálužie).
Muzeum zostało wzbogacone licznymi materiałami źródłowymi przez dr. Imrego Molnára, badacza i popularyzatora życia i działalności Jánosa Esterházyego, dyrektora Węgierskiego Instytutu w Bratysławie – Pozsony. Tłumaczeń tekstów dokonał Béla Hajtman, dyrektor Prywatnej Zawodowej Szkoły Średniej z Alsóbodok. Dokumentacja fotograficzna jest dziełem Ottó Csámpaiego mł., dyrektora Centrum Pielgrzymkowego Jánosa Esterházyego. Częścią muzeum jest recepcja z salą konferencyjną, gdzie można nabyć pamiątki i wydawnictwa poświęcone Jánosowi Esterházyemu.